Управление школой осуществляется в соответствии с законом "Об образовании в Российской Федерации" и Уставом МБОУ Нижнесирская ООШ на принципах демократичности, открытости, приоритета общечеловеческих ценностей, охраны жизни и здоровья человека, свободного развития личности. Исходя из целей и принципов построения и стратегии развития школы сложилась структура, в которой выделяются несколько уровней управления: Директор - главное административное лицо, воплощающее единоначалие и несущее персональную ответственность за все, что делается в образовательном учреждении всеми субъектами управления; Педагогический совет, Общее собрание работников школы, Совет обучающихся, совет родителей.